メールアドレスの重複登録に関する設定箇所は2か所存在しますので、
ファネルページ側のメールアドレス登録フォームで「重複登録」が「禁止する」設定になっていないかご確認ください。
重複登録 設定箇所① シナリオ側の設定(登録フォーム設定)
メール・LINE配信 > アカウント選択 > シナリオ選択 > 登録解除フォーム > 登録フォーム設定
重複登録 設定箇所②ファネル内のメールアドレス登録フォーム側の設定
ファネル > ファネル名選択 > ページ編集 > メールアドレス登録フォーム をクリック
> フォーム動作 > 重複登録
で「禁止する」となっていた場合は、このファネル経由での同一メールアドレスでの重複登録をすることができません。