いいえ、できません。
UTAGEの独自ドメイン管理で設定したサブドメインは、UTAGE占有となり、
レンタルサーバー側で同一サブドメインの同時使用をすることができないためです。
そのため、仮に
①先にレンタルサーバー側でサブドメイン登録 → UTAGE「独自ドメイン管理」にサブドメイン登録
→後から登録したUTAGE独自ドメイン（サブドメイン）が有効化され、レンタルサーバー側のサブドメイン設定(メールアドレス含む)は有効化されません
②先にUTAGE「独自ドメイン管理」でサブドメイン登録 → レンタルサーバー側でサブドメイン登録
→後から登録したレンタルサーバー側のサブドメイン設定(メールアドレス含む)が有効化され、UTAGEの独自ドメイン（サブドメイン）は有効化されません